Urodził się 24 marca 1921 roku w Rybniku w wielodzietnej rodzinie. Do gimnazjum uczęszczał w Tarnowskich Górach, będąc bardzo aktywny w harcerstwie. Maturę zdał w 1938 roku.
Brał czynny udział w kampanii wrześniowej, a po kapitulacji podjął działalność konspiracyjną. W marcu 1940r. ujęty przez gestapo w Zawichoście i aresztowany, został wywieziony do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu. Przebywał tam z numerem 1201 przez 14 miesięcy, z tego 9 miesięcy w karnej kompanii, a przez blisko miesiąc w bunkrze. W marcu 1942 roku w więzieniu w Katowicach został skazany na karę śmierci przez ścięcie za działalność konspiracyjną przeciw Rzeszy Niemieckiej. Po prawie 5 miesiącach oczekiwania na wykonanie wyroku zostaje uwolniony.
W latach 1942 – 45 przebywa w różnych niemieckich obozach i więzieniach.
W czasie pobytu na oddziale skazańców dokonało się jego cudowne nawrócenie na osobową wiarę w Chrystusa połączone z decyzją oddania swego życia na Jego służbę.
Po zakończeniu wojny wstąpił do Śląskiego Seminarium Duchownego w Krakowie, a po jego ukończeniu 25 czerwca 1950 roku przyjął święcenia kapłańskie.
W latach 1954 ? 56, w okresie wysiedlenia biskupów, uczestniczył w pracach tajnej Kurii w Katowicach i organizował powrót biskupów śląskich do diecezji. Po powrocie biskupów pracował w Wydziale Duszpasterskim Kurii i w redakcji ?Gościa Niedzielnego?. Prowadził również Ośrodek Katechetyczny, a od 1957 roku działalność trzeźwościową pod nazwą ?Krucjata Wstrzemięźliwości?. W 1960 roku ówczesne władze zlikwidowały Centralę Krucjaty, a ks. Franciszka aresztowano w marcu 1961. po 4 miesiącach aresztu otrzymał wyrok 13 miesięcy więzienia z zawieszeniem na 3 lata.
Od października 1961 roku ks. Blachnicki podjął studia specjalistyczne na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Po ich ukończeniu kontynuował pracę naukowo-dydaktyczną w Instytucie Teologii Pastoralnej. W sposób szczególny angażował się w przybliżenie szerokim kręgom duszpasterzy i świeckich soborowej nauki o Kościele i odnowionej Liturgii, wypracowując metody soborowej formacji liturgicznej.
Już od pierwszych lat pracy duszpasterskiej szczególną uwagę przywiązywał do pracy w małych grupach, począwszy od Oazy Dzieci Bożych aż po metodę 15 dniowych rekolekcji przeżyciowych nazwanych później Oazą Żywego Kościoła. W ten sposób powstał ruch, zwany dziś Ruchem Światło Życie.
Ruch ten rozwinął się mimo wielorakich trudności w Polsce, a także na Słowacji, w Czechach, a nawet w Boliwii. Z inspiracji ks. Blachnickiego powstawały też nowe inicjatywy, które były odpowiedzią na znaki czasu, m.in. Krucjata Wyzwolenia Człowieka.
Ks. Blachnicki jest też duchownym ojcem wspólnoty życia konsekrowanego, Instytutu Niepokalanej Matki Kościoła.
Stan wojenny zastał w 1981 roku ks. Blachnickiego poza granicami kraju. Osiadł w 1982 roku w ośrodku polskim ?Marianum? w Carlsbergu w Niemczech. Tam też zmarł 27 lutego 1987 roku.
Ojciec Święty Jan Paweł II, po śmierci ks. Franciszka, napisał w telegramie przesłanym na ręce ks. bp. Szczepana Wesołego:
Bóg powołał do Siebie ks. prof. Franciszka Blachnickiego w śmierć ta napełniła smutkiem wiele ludzkich serc i środowisk. Odszedł gorliwy apostoł nawrócenia i wewnętrznej odnowy człowieka i wielki duszpasterz młodzieży. Z Jego inspiracji zrodził się specyficzny kształt życia oazowego na polskiej ziemi. Swoje liczne talenty umysłu i serca, jakiś szczególny charyzmat, jakim obdarzył Go Bóg, oddał sprawie budowy Królestwa Bożego. Budował je modlitwą, apostolstwem, cierpieniem i budował z taką determinacją, że słusznie myślimy o Nim jako o ?gwałtowniku? tego Królestwa. Dziękujemy Bogu za wszelkie dobro, jakie stało się udziałem ludzi przez Niego. Modlimy się gorąco o pełnię światła i życia dla Jego duszy.
Wieloraka działalność i służba Kościołowi i w Kościele, budzenie i ożywianie zaangażowania świeckich, zmaganie się o trzeźwość Narodu, troska o młodych i rodziny, uczyniły ks. Franciszka Blachnickiego niezwykłym świadkiem wiary. Stał się on bowiem głosem, który wzywał wszystkich świeckich, by na co dzień żyli tajemnicą Kościoła.